前醫管局員工陣線主席余慧明及前職工盟主席吳敏兒等47人被控《港區國安法》下的串謀顛覆罪的案件，涉及余慧明及其他15名被告的案件在2月6日在高等法院（移師往西九龍裁判法院審理）開審，預計案件會審理90日，審訊不設陪審團。本案是《港區國安法》下串謀顛覆國家政權罪首案，「首要分子」最高可判處終身監禁。
2020年7月11及12日初選正式投票，錄得超過59萬電子投票及2萬張紙本票。74 名初選參選人中，31人包括余慧明最終當選；吳敏兒及其中8名被告落敗後，並按協議沒有參選立法會選舉。
控方開案陳辭指出，本案的串謀計劃，就是被告同意透過「非法手段」嚴重干擾、擾亂或破壞特區政權機關依法履行職能，透過無差別否決政府提出的財政預算或公共開支，迫使特區政府解散立法會，最終導致行政長官辭職，而謀劃的目的是「顛覆國家政權」。控方又稱，余慧明及吳敏兒等有份簽署「墨落無悔 堅定抗爭 抗爭派立場聲明書」的聯合聲明，而簽署者承諾將遵守初選的計劃，最終有逾 60萬人在初選投票，共有74名初選參選人，其中31人當選。
余慧明曾倡以罷工迫政府回應訴求 控方﹕謀劃目的是「顛覆國家政權」
控方指，余慧明與部分在初選中當選的被告，更被控方形容為「抗爭派」，指稱他們進一步開記者會重申會堅定不移對抗政府及反對《國安法》，並會按初選計劃無差別否決財政預算案。
控方又指，余慧明曾撰文支持戴耀廷「攬炒十步」，2020年4月接受《獨立媒體》專訪時指醫護罷工一役令她意識到「一定要用任何方法去推翻而家呢個政權、呢個政府，先可以做到一個改變」，亦清楚立會過半目標是透過否決政府所有議案，令立法會停擺，觸發憲政危機，配合罷工等逼使政府正面回應五大訴求。警方並於其家中搜得寫有「光復香港 時代革命」、「齊上齊落」的文件。
吳敏兒每日出席旁聽
至今已還柙逾700日的吳敏兒，早前已表示擬承認控罪，她與其餘擬認罪的30名被告，將在本案審結後正式答辯及判刑，吳敏兒亦有出席觀察審訊進度。
